learning_record_1025

tor 浏览器

首先是tor的下载，我选择的是通过telegram的gettor机器人获取exe文件，下载到电脑上，然后安装好。

打开tor浏览器，配置tor网络（失败）：由于身处墙内，选择使用代理，并使用官方提供的网桥，只需输入验证码，再点击复制，粘贴到替换网桥，测试tor网络连接，失败。 解决方法：用代理连，先关掉V2rayN的流量嗅探，然后根据这个进行配置。

复现论文

title:Environment and microbiome drive different microbial traits and functions in the macroscale soil organic carbon cycle

DOI:https://doi.org/10.1111/gcb.17465

R语言脚本和原始数据在这里

从清华镜像下载R 4.4.1 base以及 Rtools44，下载rstudio ，打开rstudio，设置清华镜像下载package

options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))

然后按其脚本文件安装各种包，但有两个安装失效 swfdr和phyloseq，需要在biocmanager中安装

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("swfdr")
BiocManager::install("phyloseq")

从ncbi中下载sra

下载SRAToolkit，解压到本文件夹，配置。

在ncbi中下载Accession list，在cmd中输入

prefetch.exe --option-file SRR_Acc_List.txt

即可下载
此时下载得到的文件为sra格式，需要转化为fastq格式 使用fasterq